例如：2008年10月，某创业投资企业采取股权投资方式投资未上市的中小高新技术企业100万元，于2011年6月以200万元进行转让，该创投企业2010年应纳税所得额为60万元，假定该创投企业和中小高新技术企业的资质符合国税发[2009]87号文件规定，且已按该文件规定进行了备案。那么，该创投企业2010年应纳多少所得税？股权转让所得是多少？
第一，计算2010年所得税。截至2010年10月该创业投资企业投资满2年，可以按照其投资额的70%在当年抵扣应纳税所得额；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。应纳税所得额=60-100×70%=-10（万元）。2010年应交所得税为零，且未抵完的10万元在以后纳税年度结转抵扣。
第二，计算股权转让所得。股权转让收入为200万元，那么股权转让成本为多少？是100万元还是30万元（100-70）？支持30万元的观点认为：创业投资企业在2010年已经抵扣70万元，不能重复扣除。国家对创业投资企业税收优惠的初衷在于创投企业资金比较紧张，允许其投资成本提前收回，相当于国家给予的一种无息贷款，该优惠实际上是税收与会计的时间性差异，所以不允许重复扣除。
笔者认为应按100万元扣除，原因有二：根据《企业所得税法》精神，在计算应纳税所得额及应纳所得税时，企业财务、会计处理办法与税法规定不一致的，应按照企业所得税法规定计算。《企业所得税法》规定不明确的，在没有明确规定之前，暂按企业财务、会计规定计算。那么税法没有文件明确规定创业投资企业已抵扣应纳税所得额部分投资额在股权转让时不允许税前扣除，就应该按照会计成本100万元扣除。另外，笔者认为该项优惠不仅仅是像固定资产加速折旧一样给予时间上（成本提前收回）的税收优惠，不是会计与税收的时间性差异，时间性差异一般是会计原理和税法原理发生明显冲突在无法协调的情况下造成的。创业投资是一项高风险、长周期的投资，很多投资可能血本无归。国家为了鼓励创业投资出台了该项税收优惠政策，是由于其存在高风险而给予了实实在在的税额优惠。所以，股权转让所得应为200-100=100（万元）。
