一、企业申报
(一)试点企业应在每季末次月纳税申报期终止后3日内，向国税主管税务机关报送《营业税改征增值税试点企业税负变化申报表》(见浙财预[2012]29号附件)。国税部门应在试点企业办理纳税申报、实际缴纳税款的同时，通知试点企业报送该表。
(二)试点期间因新老税制调整税负确有增加的试点企业，可在纳税申报期终止后10日内向企业注册地财政部门提出财政扶持资金申请，并向国税主管税务机关提交《营业税改征增值税试点企业财政补助申请表》(附表)、当期入库的增值税缴税凭证复印件及当地财政、国税、地税部门要求提供的相关资料。
二、税务部门审核
(一)国税部门受理试点企业《营业税改征增值税试点企业财政补助申请表》后，对其按试点政策规定计算缴纳的增值税进行审核，出具审核意见，并于下月1日前移送资料至地税部门，移送的资料包括(下同)：
1.《营业税改征增值税试点企业税负变化申报表》
2.《营业税改征增值税试点企业财政补助申请表》
3.当期的增值税缴税凭证复印件
(2012年12月份所属税款并入2013年一季度计算)
(二)地税主管税务机关收到国税部门移交的资料后，对《营业税改征增值税试点企业财政补助申请表》中按原营业税规定计算应缴纳的营业税按规定进行计算填写，出具审核意见，并于当月10日前移送资料到财政部门。
三、财政部门拨付补助资金
财政部门收到地税部门移交的资料后，于10个工作日之内，对资料进行审核，并按规定将批准后的补助资金拨付给企业。具体操作时，原则上按月计算、按季预拨、按年清算。对未按规定核算增值税进销项造成税负虚增、因增值税查补入库造成税负增加等情况不予财政扶持。
四、其他事项
1.对因新老税制转换，除增值税外，城建税等税费也有增加的，本着“确保试点行业和企业税负基本不增加”的原则，也应给予企业适当补助。
2.年度终了，申请财政补助的试点企业应向当地财政部门提交《营业税改征增值税试点企业财政补助申请表》(年度汇总)、年度入库的增值税缴税凭证复印件及当地财政、国税、地税部门要求提供的其他资料，由财政部门牵头，国税、地税部门参与，组织人员对申请财政补助的试点企业提交的资料进行审核，根据审核结果实行清算，企业还应享受的补助由财政按规定及时补助给企业，企业多享受的补助应及时缴回财政。试点企业存在瞒报、虚报相关资料骗取财政扶持资金等情况的，财政部门将根据《财政违法行为处罚处分条例》(国务院令第427号)等有关规定给予严肃处理。
3.年度终了，市、县(市)财政部门将企业申报情况、经清算后实际补助企业的资金总额、分企业营业税改征增值税试点企业全年税负变化申报表复印件、分企业财政补助资金拨付凭证复印件，在年终结算资料报送要求时间内报省财政厅。经审核认定后，省财政厅按体制规定计算省级财政补助资金，并通过省与市县财政年终结算补助给各市、县(市)。
