对于营改增后涉及两种计税方法（一般、简易）、有预缴增值税等业务的纳税人来说，增值税核算比一般的货物销售要复杂，因此，其“应交税费”下与增值税有关的科目设置应当满足更多的要求，即：符合税法要求、能清晰反映增值税的计算、计提、预缴、申报、缴纳的过程和结果。如果做不到这一点，科目设置便是不成功的。
一、“应交增值税（简易计税）”应与“应交增值税（一般计税）”并列还是在其下一级？
根据营改增政策相关规定，简易计税项目发生纳税义务，计算、计提的税金，仅允许预缴税款抵减，抵减后的就要计入应纳税额，这与一般计税项目发生纳税义务计算、计提的税金是不同的，后者需要根据计税规则参与“进项税额”、“销项税额”、“进项税额转出”等多个项目计算后，如有，才计入应纳税额。如果“应交增值税（简易计税）”设在“应交增值税（一般计税）”的下一级，与“进项税额”、“销项税额”、“进项税额转出”等并列，简易计税项目所计提的应缴增值税金被记在贷方，直接参与进项税额、销项税额、进项税额等的加减计算，最终的结果是，本来简易计税项目所计提的增值税金不能被进项税额抵减却被抵减，简易计税项目可能因此少缴增值税（财税〔2016〕36号附件一第二十七条规定：购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产用于简易计税项目的进项税额不得从销项税额中抵扣……），同时，期末“应交税费——应交增值税”借方余额也不再是通常情况下的进项留抵税额，申报表与账簿不符。
案例：甲地产开发公司有A与B两个开发项目，其中A项目为老项目，选择简易计税方法；B项目为新项目，选择一般计税方法。2016年6月发生业务如下：
??①A项目销售住房开票、收到款项105万元
②B项目购进材料117万元
③B项目销售住房开票、收到款项111万元，采用预收款方式销售住房收取款项222万元
如果“简易计税”设在“应交增值税”的下一级，则三笔业务的会计处理为（单位：万元）：
①借：银行存款 105
贷：主营业务收入 100
应交税费——应交增值税（简易计税） 5
②借：原材料（或管理费用/销售费用/开发成本） 100
应交税费——应交增值税（进项税额） 17
贷：银行存款（预付账款） 117
③借：银行存款 111
贷：主营业务收入 100
应交税费——应交增值税 11
借：银行存款 222
贷：预收账款 222
假定没有其他业务，则2016年6月“应交税费——应交增值税”期末余额在借方、金额为1万元（17-11-5），这个1万元代表什么呢？是代表6月份期末的留抵税额吗？不是。按照营改增后房地产开发企业增值税申报缴纳的相关规定，甲公司2016年6月末留抵税额是6万元（17-11），而未交增值税是5万元（A项目售房收入未缴增值税），余额没有反映纳税申报的真实情况，原因就是简易计税项目混入了一般计税项目，计算规则违反了营改增政策的相关规定。
如果将“应交增值税（简易计税）”设置为“应交增值税（一般计税）并列的科目，则会计处理为（单位：万元）：
①借：银行存款 105
贷：主营业务收入 100
应交税费——简易计税应交增值税 5
②借：原材料（或管理费用/销售费用/开发成本） 100
应交税费——应交增值税（进项税额） 17
贷：银行存款（预付账款） 117
③借：银行存款 111
贷：主营业务收入 100
应交税费——应交增值税（销项税额） 11
期末：
借：应交税费——简易计税应交增值税 5
贷：应交税费——未交增值税 5
此种会计科目设置下，“应交税费——应交增值税”期末余额在借方，金额为6万元（17-11），是留抵税额，未交增值税为5万元，符合税法要求，显然更为合理。
二、按规定预缴的增值税，是通过“应交税费——应交增值税（已交税金）”核算，还是单独设置一个与“应交税费——应交增值税（已交税金）”并列的科目“应交税费——预缴增值税”核算？
