1.合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。 
 2.被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。 
 3.被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。 
  B研究院若实施一般性合并，A公司资产、负债账面价值几乎等同于公允价值，无评估增值可能，A公司资产近5年未弥补亏损500万元不能在B研究院未来所得中得到弥补。合并后A公司其他应付款下B研究院的往来借款，与B研究院其他应收款下A公司的借款对冲，B研究院滚存未分配利润合并后减少1650万元。该方案下，B研究院因一般性合并，投资A公司的亏损未获得税收弥补。 

B方案：特殊性合并 
  财税〔2009〕59号文件第六条第四项规定，企业合并企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择按以下规定处理： 
 1.合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。 
 2.被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。 
 3.可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额＝被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。 
 4.被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。
  A公司是B研究院全资子公司，符合特殊性税务处理条件。B研究院若实施特殊性吸收合并，A公司资产、负债账面价值以原有的计税基础并入B研究院。因A公司净资产为负，可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额＝被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率，B研究院可弥补的A公司亏损额为0.A公司近5年亏损额500万元无法得到弥补。同样，B研究院投资A公司的亏损未获得任何税收弥补。 
C方案：直接注销 
  A公司通过程序实施资产、债权、债务清算后，直接注销，B研究院投资A公司，产生投资损失。 
  《财政部、国家税务总局关于清算业务企业所得税若干问题通知》（财税〔2009〕60号）规定，企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得。 
  A公司资不抵债，按照国家税务总局清算所得申报表计算思路，A公司欠母公司B研究院往来款1300万元，因A公司无力偿还，转作债务清偿收益。经初步计算，清算所得为1150万元，弥补前5年亏损500万元后，还有清算所得650万元，需缴纳税款160万元左右。而A公司账面存款只有1万元，根本无力缴纳税款。长年亏损，资不抵债，无力清偿到期债务而关门的企业，竟然需要缴纳清算企业所得税，显然有悖常理。在实践中，资不抵债情况下清偿收益如何计算，给执行清算的税务人员带来很大困扰，需要国家税局总局作出进一步明确。对此，天津市地税局、国税局《企业清算环节所得税管理暂行办法公告》明确了清偿收益计算限额，帮助企业走出了因无力偿债而关门却需缴纳清算所得税的死胡同。该办法第十一条规定，企业清算期间确定的不需支付的应付款项，需并入清算所得征税。企业清算期间应支付但由于清算资产不足以偿还的未付款项，无需并入清算所得征税。根据该办法规定计算，A公司清算所得为-150万元。 
  《企业会计准则第2号——长期股权投资》第十一条规定，投资企业确认被投资单位发生的净亏损，应当以长期股权投资的账面价值以及其他实质上构成对被投资单位净投资的长期权益减记至零为限，投资企业负有承担额外损失义务的除外。B研究院对A公司长期股权投资为500万元，虽然A公司净资产为负，未分配利润为-1650万元，远大于实收资本，但可确认长期股权投资损失只有500万元。报经税务机关审核后，在B研究院收益中税前扣除。 
  B研究院借给A公司的往来款1300万元，因A公司注销时无力偿还，B研究院确认为坏账。《国家税务总局关于企业资产损失所得税税前扣除管理办法的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）第四十六条第五项规定，企业发生非经营活动的债权，不得作为损失在税前扣除。B研究院借给A公司的往来款1300万元，属于非经活动的借款，税前无法扣除。 
  因A公司与B研究院为母子公司，历年来，B研究院为A公司付出500万元投资成本和1300万元往来款现金流，会计上共形成1800万元损失。C方案相比前两个方案，税收上也只能就500万元投资损失进行弥补。
D方案：先增资后注销 
  母公司B研究院通过正常程序，对A公司增资1300万元，这时，A公司实收资本从500万元变成1800万元，净资产从负到正，同时B研究院对A公司长期股权投资账面价值也从500万元增加到1800万元。A公司因1300万元增资，偿还欠母公司B研究院的1300万元往来款，这时母子公司无往来借款。然后，关闭注销A公司。清算债权债务后，亏损150万元，加上原有公司的经营亏损1650万元，这时A公司资产负债表未分配利润数为-1800万元，实收资本1800万元，净资产为0.母公司B研究院可确认长期股权投资损失1800万元，无与A公司坏账损失，报经税务机关审核后，可以税前扣除。 
方案比较 
  A公司因长期经营不善，造成了巨额亏损，给母公司B研究院带来投资损失及坏账损失共计1800万元， 母公司B研究院从税收角度出发，希望能最大限度得到税收弥补，减少未来母公司的税收支出。A、B两方案下，B研究院未获得任何税收弥补；C方案下，B研究院只能弥补投资损失500万元；而D方案下，B研究院全部损失得到弥补，显然最有利。