我公司属于独立核算的分支机构，位于中山。总公司在珠海，根据国税发［2008］28号文件规定实行汇总缴纳，我公司按照25%税率在中山预缴，总公司按照18%在珠海预缴，如果分公司申请通过了高新技术企业，那么预缴税款可否在分机构所在地申请退税？ 《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》国税发[2008]28号第二十二条规定，总机构在年度终了后5个月内，应依照法律、法规和其他有关规定进行汇总纳税企业的所得税年度汇算清缴。各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。当年应补缴的所得税款，由总机构缴入中央国库。当年多缴的所得税款，由总机构所在地主管税务机关开具“税收收入退还书”等凭证，按规定程序从中央国库办理退库。 　　也就是说分支机构不存在汇算清缴的问题，多缴少缴的问题汇算清缴时由总公司一并处理。