纳税人除了要注意不同预缴项目、不同计税方式导致的预缴率、预缴税款计算、办税程序不同外，更要关注相同项目、相同计税方式下预缴税款与纳税申报计税与办税规则也有不同。

1差额扣除政策不同

差额扣除政策不同指同一项目计算预缴税款可以差额扣除，但纳税申报时不得差额扣除，主要是一般纳税人适用一般计税方式的某些应税行为，因为纳税申报计算销项税额时一般纳税人执行进项抵扣政策。

1.跨县（市、区）提供建筑服务

根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号，以下简称财税〔2016〕36号）附件2：《营业税改征增值税试点有关事项的规定》规定：“一般纳税人跨县（市）提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，应以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。”所以一般纳税人跨县（市）提供建筑服务，适用一般计税方法计税的要全额计税，不得差额扣除。

但财税〔2016〕36号文件附件2同时规定：“纳税人应以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2%的预征率在建筑服务发生地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。”在异地预缴计算税款时可以差额扣除支付的分包款。根据《国家税务总局关于发布〈纳税人跨县（市、区）提供建筑服务增值税征收管理暂行办法〉的公告》（国家税务总局公告2016年第17号）第五条规定，纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，应预缴税款＝（全部价款和价外费用－支付的分包款）÷（1＋11%）×2%。

案例1：A省某建筑企业（一般纳税人）2016年8月在B省提供建筑服务，适用一般计税方法，当月取得建筑服务收入（含税）1665万元，支付分包款555万元（取得增值税专用发票上注明的增值税额为55万元）。

该建筑企业当月需要在B省建筑服务所在地预缴税款＝（1665－555）÷（1＋11%）×2%＝20（万元），当月回机构所在地申报销项税额＝1665÷（1＋11%）×11%＝165（万元）。 

2.转让其取得（不含自建）的不动产

根据财税〔2016〕36号文件附件2和《国家税务总局关于发布〈纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法〉的公告》（国家税务总局公告2016年第14号）规定，一般纳税人销售其取得（不含自建）的不动产，适用一般计税方法的，以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。但是纳税人应以取得的全部价款和价外费用减去该项不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额，按照5%的预征率在不动产所在地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。所以，一般纳税人销售取得（不含自建）的不动产，适用一般计税方法，预缴税款时可以差额扣除，但纳税申报以全额申报。

2含税换算规则不同

预缴税款和纳税申报时均需要对含税价进行含税换算，含税换算规则不同是指预缴税款和纳税申报含税换算时用的税率或征收率不同。 

根据财税〔2016〕36号文件附件2和《纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2016年第14号）规定，一般纳税人销售其取得（不含自建）的不动产，适用一般计税方法的，以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。在纳税申报时，对含税价进行换算应按适用税率11%进行。 

但国家税务总局公告2016年第14号第六条规定，纳税人以转让不动产取得的全部价款和价外费用作为预缴税款计算依据的，计算公式为：应预缴税款＝全部价款和价外费用÷（1 5%）×5%，所以预缴税款进行含税换算时是按5%进行的。 

案例2：某市甲县某纳税人为增值税一般纳税人，2018年10月30日转让其2016年6月购买的写字楼一层，取得转让收入1000万元。写字楼也在甲县。纳税人购买时价格为777万元，取得了增值税专用发票，注明税款为77万元。

因该房产属于外购的非自建不动产，按照规定，在甲县地税机关预缴税款时：预缴税款＝（1000－777）÷（1＋5%）×5%＝10.62（万元）。

纳税人向甲县国税局申报纳税时，该业务的销项税额＝1000÷（1＋11%）×11%＝99.10（万元）。

3办税机关不同

除了纳税人采取预收款方式销售自行开发的房地产项目预缴与纳税申报的税务机关一般是同一个税务机关外，其他情形都不是同一个税务机关。

1.不同国税机关

纳税人跨县（市、区）提供建筑服务和不动产租赁服务，应向建筑服务发生地或不动产所在地主管国税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税。

2.分属国地税机关

纳税人销售取得的不动产，应向不动产所在地主管地税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税，其他个人直接向不动产所在地主管地税机关申报纳税。