同时，该通知还规定：上述不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除;用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。

首先，应当明确什么是"不征税收入"，即：符合上述规定的财政性资金。

其次，根据收入与成本配比原则，上述不征税收入所形成的费用在计算应纳税所得额时不得扣除;不征税收入所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。也可以理解为不得扣除的费用和折旧、摊销是以不征税收入为限额，超过不征税收入的支出，其费用、折旧、摊销可以作为企业的正常支出在税前扣除。虽然，企业将财政补贴作为不征税收入计入"营业外收入"，抵掉的是等额的研究费用，这部分收入实际上没纳税。而超过财政补贴的部份企业照常在计算应纳税所得额时扣除。

如何使企业享受到"不征税"的税收待遇，可以根据不同情况采取不同的会计核算方法。
(一)研发项目当年得到财政补贴的账务处理
例1：甲科技发展有限公司2010年进行一项新技术的研究开发，已经在当地科委立项，当年发生研究开发费用120万元，以银行存款支付，项目成果当年已经通过验收，没有形成无形资产，县科委拨付科技发展基金100万元。
[案例分析]
(1)发生的研究开发费用，计入损益
借：研发支出——费用化支出　　1200000
贷：银行存款1200000

借：管理费用——研究开发费　　1200000
贷：研发支出——费用化支出　　　　　　　　1200000

(2)收到科技发展基金
借：银行存款1000000
贷：营业外收入1000000

(3)纳税调整
根据财税[2009]87号文的规定，企业取得的财政性资金可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除。

同时，还应当遵从税法关于税前扣除"配比原则"的规定，企业得到财政补贴100万元，相应的不得税前扣除的费用也应当是100万元。

企业所得税汇算清缴时，把已经列入"管理费用-研究开发费"的100万元，通过附表三《纳税调整明细表》第38行"不征税收入用于支出所形成的费用"做纳税调增处理，超过"不征税收入"的20万元仍然当期扣除;同时将营业外收入的100万元通过附表三《纳税调整明细表》第15行"免税收入"做纳税调减处理。

根据企业所得税法规定，企业发生的研究开发费可以加计扣除50%，上述账务处理使得此项优惠继续得到享受。甲公司"管理费用-研究开发费"中属于"不征税收入用于支出所形成的费用"以外的支出还有20万元，加计50%扣除，即(20 20×50%)×25%=7.5万元，还可以享受税收优惠少缴企业所得税7.5万元。

结论：如果研发项目当年得到财政补贴，对企业来讲，作为"营业外收入"处理节税的效果比较明显。

(二)跨年度研发项目得到的财政补贴
例2：乙科技发展有限公司正在进行一项新技术的研究开发，已经在当地科委立项，2009年发生研究开发费用120万元，其中购置设备90万元，支付工资薪酬30万元，项目仍在进行。2009年12月县科委拨付科技发展基金200万元。
[案例分析]
(1)购置研发器材等90万元
借：固定资产900000
贷：银行存款900000

(2)支付人员工资等30万元
借：应付职工薪酬300000
贷：现金300000

(3)结转研发支出
借：管理费用——研究开发费1200000
贷：应付职工薪酬300000
累计折旧900000

(4)根据财税[2009]87号规定，收到财政拨款时
借：银行存款2000000
贷：专项应付款2000000

(5)将本年支出结转专项应付款
借：专项应付款1200000
贷：营业外收入1200000

借：营业外收入1200000
贷：本年利润1200000

(6)纳税调整
把营业外收入120万元填在《企业所得税年度纳税申报表》附表五《税收优惠明细表》第5行"免税收入-其他"，进行纳税调减。将"管理费用-研究开发费"120万元通过附表三《纳税调整明细表》第38行"不征税收入用于支出所形成的费用"做纳税调增处理。

第二年继续发生研究开发费，在余额80万元之内的部分不得扣除，超过部分仍然可以在税前扣除，并且享受加计扣除50%。