答：根据《关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函﹝2009﹞617号）规定，“增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额”。

按文件规定惠通公司已超过180天的增值税专用发票认证期限。

另外，根据《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告﹝2011﹞50号）规定，“对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额”。

按此文件规定，你公司向主管税务机关提交了逾期增值税扣税凭证继续抵扣的申请。

关于你公司逾期增值税扣税凭证继续抵扣的请示经主管税务机关、中山市国税局、广东省国税局，最后上报至税务总局。

税务总局于2015年5月下发《国家税务总局关于部门纳税人逾期增值税扣税凭证申报抵扣的通知》（税总函﹝2015﹞243号），批复惠通公司的两份增值税专用发票的稽核比对结果为“相符”、“允许抵扣”。

我局已将税总函﹝2015﹞243号转发给中山市国税局，目前中山市局货物和劳务税科已经将稽核比对结果通知你公司，你公司可以按有关规定申请办理该两份专用发票抵扣事宜。

早前公告——
国家税务总局公告2011年第49号国家税务总局关于废止逾期增值税扣税凭证一律不得抵扣规定的公告 

后续公告——
国家税务总局公告2011年第78号国家税务总局关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告