需要注意的是，原有企业所得税相关法规对此有不同的处理原则，根据《国家税务总局关于企业的免税所得弥补亏损问题的通知》（国税发[1999]34号）的规定，免税项目的所得，可以弥补应税项目当年及以前年度的亏损。

　　跨年度调增的应纳税所得额可弥补亏损
　　对跨年度调增的应纳税所得额可否弥补亏损的问题，新旧税收法规有不同的处理原则。根据《国家税务总局关于修订企业所得税纳税申报表的通知》（国税发[2006]56号，该文已废止）规定，查补的应纳税所得额，应并入所属年度的应纳税所得中，按税法规定计算应补税额，但不得弥补以前年度亏损，不得作为计算公益、救济性捐赠税前扣除的基数。而根据《国家税务总局关于查增应纳税所得额弥补以前年度亏损处理问题的公告》（国家税务总局2010年第20号）规定，税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损、且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。弥补该亏损后仍有余额的，按照企业所得税法规定计算缴纳企业所得税。

　　例如，2010年的企业所得税纳税调整后所得为-60万元，结转至2010年可弥补的以前年度亏损30万元。税务机关于2012年3月对其2010年度企业所得税进行检查，调增2010年度应纳税所得额100万元（不考虑其他纳税调整事项）。

　　税务处理：税务机关调增应纳税所得额100万元，则2010年度纳税调整后所得为100－60＝40（万元），可用于弥补以前年度法定弥补期内的亏损30万元，则当年应纳税所得额为40－30＝10（万元），再按规定计算应缴纳的企业所得税。

　　资产损失造成亏损应在所属年度弥补 
    《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》（国家税务总局公告2011年第25号）规定，企业因以前年度实际资产损失未在税前扣除而多缴的企业所得税税款，可在追补确认年度企业所得税应纳税款中予以抵扣，不足抵扣的，向以后年度递延抵扣。企业实际资产损失发生年度扣除追补确认的损失后出现亏损的，应先调整资产损失发生年度的亏损额，再按弥补亏损的原则，计算以后年度多缴的企业所得税税款，并按前款办法进行税务处理。

　　例如，企业进行2011年度汇算清缴时，发现2010年有一批存货因自然灾害发生损失20万元未申报扣除。假设2010应纳税所得额为10万元，2011年应纳税所得额为50万元。

　　税务处理：2010年资产损失20万元追补确认期限未超过5年，企业应向税务机关进行专项申报，准予在2010年全额追补扣除，追补后2010年实际亏损20－10＝10（万元）。所以，2010年多缴税款10×25%＝2.5（万元），2011年应缴企业所得税（50－10）×25%＝10（万元）。2010年多缴的税款2.5万元不能退税，只能递延到以后年度抵扣。因此，2011年实际应缴纳企业所得税10－2.5＝7.5（万元）。

　　清算期间可依法弥补亏损 
    《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）规定，企业清算中应依法弥补亏损，确定清算所得，企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。企业计算清算所得时弥补的以前年度亏损，包括清算当年正常生产经营期间发生的亏损额，并且弥补的年限应从当年算起，向前推算4年，允许弥补亏损的年限共计5年。

　　例如，某企业由于生产经营不善，于2011年5月停止生产经营，要办理注销登记。企业在注销前办理了2011年的企业所得税汇算清缴，调整后所得额为-200万元，至此，企业2006年的亏损还有100万元没有弥补。清算期弥补亏损前计算的清算所得为300万元。

　　税务处理：如果清算期间的应纳税所得额计算为“300－200－100＝0”就错了，因为清算期间是一个独立的纳税年度，2006年的100万元亏损，只能结转到2011年的汇算清缴中弥补，而不能结转到清算期间弥补。因此，清算期间的应纳税所得额为300－200＝100（万元）。